A cette époque, l'hôpital de Bagdad a été le plus grand et le plus moderne de tout le monde entier. Il comptait vingt-quatre médecins et son premier directeur a été al-Razi.
D'autres hôpitaux ne tardèrent pas à faire leur apparition et bientôt on en compta trente quatre disséminés à travers l'empire, il y avait au moins un hôpital dans chaque ville arabe voici quelques exemples : celui de la ville de Rayy a été dirigé par al-Razi puis par ibn-Sina, celui de Damas a été construit par Nùr al-Din en 1170, l'hôpital al-Mansùri du Caire fut fondé en 1284, en Afrique, les premiers hôpitaux apparaissent dés le IXème siècle à Kairouan et à Tunis.
Ces hôpitaux étaient financés par des fondations pieuses, les waqf ainsi que par les princes et les personnalités qui leur faisaient don d'une partie de leurs biens.
Les séjours à l'hôpital étaient gratuits comme les visites médicales chez les paysans ainsi que les consultations pour les pauvres.
Les hommes et les femmes étaient soignés dans des locaux séparés. Les patients atteints de maladies contagieuses étaient placés à l'isolement.
Plusieurs secteurs séparés étaient consacrés à la chirurgie, à l'ophtalmologie, à l'orthopédie et aux maladies internes. Ce dernier secteur est lui-même divisé en plusieurs salles : pour les fièvres, pour les tempéraments froids et pour les diarrhées.
Presque tous les hôpitaux possédaient une section spéciale réservée aux aliénés, ces derniers étaient bien traités. Pour accélérer la guérison des malades on y donnait aussi des concerts. Au Moyen Age, les arabes ont donc inventé la musicothérapie.
Ils avaient également des infirmeries pour les soins d'urgence aux blessés légers, tandis que les cas plus graves étaient admis dans des services qualifiés.
L'une des sections les plus importantes de l'hôpital musulman était la pharmacie, réservée au stockage des médicaments et a la préparation des remèdes.
Les hôpitaux étaient aussi des lieux d'enseignement et de formation pour les étudiants et les médecins moins expérimentés. Les leçons se donnent, lors des consultations, au chevet des malades auprès duquel le maitre interroge et l'élève répond. On organise des séances de travail et de réflexion pendant lesquelles on donne lectures de texte médicaux et de pharmacopée et l'on rédige des traités spécifiquement consacrés aux soins à l'hôpital.
Tout hôpital qui se respectait possédait également au moins une bibliothèque médicale qui contenait des livres indispensables à la formation médicale car l'apprentissage est essentiellement livresque et fondé sur l'étude des textes de référence.
Les hôpitaux musulmans médiévaux employaient couramment du personnel infirmier de sexe féminin, notamment des infirmières venant de pays aussi éloignés que le Soudan. Les hôpitaux musulmans ont également été les premiers à employer des femmes médecins. Cela était nécessaire en raison de la ségrégation entre les patients hommes et femmes dans les hôpitaux islamiques.
Enfin au XIème siècle, apparurent des cliniques ambulantes. Ces sortes de dispensaires mobiles se déplaçaient à dos de chameaux et étaient gérés par un ou plusieurs médecins. Lorsqu'ils s'arrêtaient dans un village, une tente était dressée, et le médecin examinait les malades et leur prodiguait les soins nécessaires. Ces cliniques ambulantes étaient également mises en service pendant les guerres et les épidémies.
Il faut reconnaitre qu'à cette époque, la médecine arabe représentait le sommet de ce qu'il était possible d'atteindre dans ce domaine. Pour un malade ou un blessé, les chances de survie étaient cent fois plus grandes à Bagdad ou à Damas qu'à Paris ou à Rome.
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